デフォルトで mysql というデータベースが入っていると思いますが、この中の time_zon テーブルが空なのが原因なようです。

ということで下記から「timezone_2016i_posix_sql.zip」をダウンロードします。

MySQL :: Time zone description tables

ダウンロードzipを解凍したら下記ディレクトリに入れます。
上書きになる場合は念のため元ファイルのコピーはとっておきましょう。

XAMPP
C:\xampp\mysql\data\mysql
MAMP
/Applications/MAMP/db/mysql56/mysql

※インストールした環境によってパスは変わります。

この状態でインポートすればtimezoneエラーは表示されないと思います。
以前のバージョンは問題なかったので、最初から組み込まれてた気がしますが。

情報元:CakePHP3の環境構築 Windows + XAMPP編 | 雑記 | 3u3.org