DEMO

PC版のナビゲーションは基本構造は下記を使用します。

jQuery+CSS3でスクロールするとアニメーションして狭くなる固定ナビゲーション

HTML

#mobile-head はモバイル時色を付けてバーにします。
#global-nav はモバイル時ナビゲーションを開閉するボタンです。
三本の線がspanになります。

HTML

<header id="top-head">
	<div class="inner">
		<div id="mobile-head">
			<h1 class="logo">Logo</h1>
			<div id="nav-toggle">
				<div>
					<span></span>
					<span></span>
					<span></span>
				</div>
			</div>
		</div>
		<nav id="global-nav">
			<ul>
				<li><a href="#">HOME</a></li>
				<li><a href="#">PRODUCT</a></li>
				<li><a href="#">WORKS</a></li>
				<li><a href="#">COMPANY</a></li>
				<li><a href="#">CONTACT</a></li>
			</ul>
		</nav>
	</div>
</header>

jQuery

scrollの部分はPCでスクロールしたときfixed（固定）します。
#nav-toggleのクリックイベントはopenクラスの切り替えのみ行いアニメーションはCSSで行います。

JavaScript

<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.8.3/jquery.min.js"></script>
<script>
(function($) {
    $(function() {
        var $header = $('#top-head');
        // Nav Fixed
        $(window).scroll(function() {
            if ($(window).scrollTop() > 350) {
                $header.addClass('fixed');
            } else {
                $header.removeClass('fixed');
            }
        });
        // Nav Toggle Button
        $('#nav-toggle').click(function(){
            $header.toggleClass('open');
        });
    });
})(jQuery);
</script>

CSS

まずはPC表示からです。
ホバーアニメーションとかは省略しております。

CSS

.inner {
	width: 980px;
	margin: 0 auto;
}
.inner:after {
	content: "";
	clear: both;
	display: block;
}

/* header */
#top-head {
	top: -100px;
	position: absolute;
	width: 100%;
	margin: 100px auto 0;
	padding: 30px 0 0;
	line-height: 1;
	z-index: 999;
}
#top-head a,
#top-head {
	color: #fff;
	text-decoration: none;
}
#top-head .inner {
	position: relative;
}
#top-head .logo {
	float: left;
	font-size: 36px;
}
#global-nav ul {
	list-style: none;
	position: absolute;
	right: 0;
	bottom: 0;
	font-size: 14px;
}
#global-nav ul li {
	float: left;
}
#global-nav ul li a {
	padding: 0 30px;
}

/* Fixed */
#top-head.fixed {
	margin-top: 0;
	top: 0;
	position: fixed;
	padding-top: 10px;
	height: 55px;
	background: #fff;
	background: rgba(255,255,255,.7);
	transition: top 0.65s ease-in;
	-webkit-transition: top 0.65s ease-in;
	-moz-transition: top 0.65s ease-in;
}
#top-head.fixed .logo {
	font-size: 24px;
	color: #333;
}
#top-head.fixed #global-nav ul li a {
	color: #333;
	padding: 0 20px;
}

/* Toggle Button */
#nav-toggle {
	display: none;
	position: absolute;
	right: 12px;
	top: 14px;
	width: 34px;
	height: 36px;
	cursor: pointer;
	z-index: 101;
}
#nav-toggle div {
	position: relative;
}
#nav-toggle span {
	display: block;
	position: absolute;
	height: 4px;
	width: 100%;
	background: #666;
	left: 0;
	-webkit-transition: .35s ease-in-out;
	-moz-transition: .35s ease-in-out;
	transition: .35s ease-in-out;
}
#nav-toggle span:nth-child(1) {
	top: 0;
}
#nav-toggle span:nth-child(2) {
	top: 11px;
}
#nav-toggle span:nth-child(3) {
	top: 22px;
}

次はモバイルのCSSです。

CSS

@media screen and (max-width: 640px) {
	#top-head,
	.inner {
		width: 100%;
		padding: 0;
	}
	#top-head {
		top: 0;
		position: fixed;
		margin-top: 0;
	}
	/* Fixed reset */
	#top-head.fixed {
		padding-top: 0;
		background: transparent;
	}
	#mobile-head {
		background: #fff;
		width: 100%;
		height: 56px;
		z-index: 999;
		position: relative;
	}
	#top-head.fixed .logo,
	#top-head .logo {
		position: absolute;
		left: 13px;
		top: 13px;
		color: #333;
		font-size: 26px;
	}
	#global-nav {
		position: absolute;
		/* 開いてないときは画面外に配置 */
		top: -500px;
		background: #333;
		width: 100%;
		text-align: center;
		padding: 10px 0;
		-webkit-transition: .5s ease-in-out;
		-moz-transition: .5s ease-in-out;
		transition: .5s ease-in-out;
	}
	#global-nav ul {
		list-style: none;
		position: static;
		right: 0;
		bottom: 0;
		font-size: 14px;
	}
	#global-nav ul li {
		float: none;
		position: static;
	}
	#top-head #global-nav ul li a,
	#top-head.fixed #global-nav ul li a {
		width: 100%;
		display: block;
		color: #fff;
		padding: 18px 0;
	}
	#nav-toggle {
		display: block;
	}
	/* #nav-toggle 切り替えアニメーション */
	.open #nav-toggle span:nth-child(1) {
		top: 11px;
		-webkit-transform: rotate(315deg);
		-moz-transform: rotate(315deg);
		transform: rotate(315deg);
	}
	.open #nav-toggle span:nth-child(2) {
		width: 0;
		left: 50%;
	}
	.open #nav-toggle span:nth-child(3) {
		top: 11px;
		-webkit-transform: rotate(-315deg);
		-moz-transform: rotate(-315deg);
		transform: rotate(-315deg);
	}
	/* #global-nav スライドアニメーション */
	.open #global-nav {
		/* #global-nav top + #mobile-head height */
		-moz-transform: translateY(556px);
		-webkit-transform: translateY(556px);
		transform: translateY(556px);
	}
}

#nav-toggle のアニメーションは315degにしてあるので、かなりぐるんぐるんします。もう少し落ち着かせたい場合とかその他にメーションしたいときはこのあたりを調節してください。

ナビゲーションが閉じてるときは画面外に飛ばしておいて、open時にtranslateYで動かしてます。
jQueryのanimateはモバイルだと動作が重いので、アニメーションはCSSでやった方が良いと思いますが、画面外の飛ばす数値を直接入力しないといけないので、柔軟性が必要な場合はjQueryでtransformをした方がいいかもしれません。